《复旦教育论坛》是由《国外医学——医学教育分册》和《复旦教育》合并而创立的刊物。

1980年，经卫生部批准（79科技编字第33号）《国外医学——医学教育分册》创刊，刊号为CN31—1371/R，刊期为季刊，由卫生部主管、上海第一医学院主办（1985年，上海第一医学院更名为上海医科大学），由上海医科大学医学教育研究室负责编辑出版。办刊宗旨为介绍国外医学教育领域内的理论、经验、方法。到2002年底停刊共出版23卷92期。

1984年9月，《复旦教育》创刊，每年两至三期。1988年初获得上海新闻出版局的上海市报刊准印证：（沪期）字第094号，刊期为季刊，由复旦大学高等教育研究所负责编辑出版。办刊宗旨是：以马克思主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想为指导，贯彻“百花齐放、百家争鸣”的方针，努力探索和研究高等教育理论与实践问题，积极争取为建设具有中国特色的社会主义高等教育科学理论新体系做出贡献。到2002年底停刊共出版65期。

《复旦教育论坛》创刊的契机，源于21世纪初中国高等教育管理体制改革。2000年4月11日，教育部决定，复旦大学、上海医科大学合并组建新的复旦大学。在组建过程中，推动实质性融合是基调，两刊合并也随之提上日程。2002年2月22日，国家新闻出版总署批准（新出报刊〔2022〕188号），停办《国外医学——医学教育分册》，改办《复旦教育论坛》。2003年1月《复旦教育论坛》创刊，刊号为CN31-1891/G4，刊期为双月刊，办刊宗旨为探索和研究教育理论与实践问题，反映中国教育改革和发展的研究新成果，扶植创新，鼓励争鸣，开拓视野，引领风气，繁荣学术，推动有中国特色的社会主义现代大学制度建设。